Chẳng biết vì sao Nữ thần học đường lại thích ghé chơi nhà tôi

Chẳng biết vì sao Nữ thần học đường lại thích ghé chơi nhà tôi là câu chuyện về Tokiwagi Towa, một học sinh trung học luôn dành thời gian cho công việc làm thêm và không tham gia vào những hoạt động xã hội thông thường. Towa sống một cuộc sống cô đơn, không có bạn bè thân thiết hay mối quan hệ yêu đương. Một ngày nọ, trong lúc chờ đèn giao thông, Towa tình cờ gặp Wakamiya Rin, nữ thần nổi tiếng toàn trường với vẻ ngoài xinh đẹp và thành tích học tập xuất sắc. Rin đang nằm trên ghế dài với vẻ mệt mỏi và đói bụng. Towa không thể bỏ mặc cô ấy và đã đưa cho Rin một phần khoai tây nướng mình vừa mua. Sự gặp gỡ này mở ra những tương tác bất ngờ giữa hai người, dù ban đầu họ hoàn toàn không có liên hệ gì với nhau.